北大附中深圳南山分校创办于2000年，建校伊始，北京大学校长许智宏挥毫题词加以勉励。
自此，北大精神扎根南国发荣滋长，琅琅书声伴随特区天籁齐鸣。
为让孩子更好地融入世界，2011年学校全面推进教育国际化，并成为南山区教育系统对外开放交流、形象展示的重要窗口单位。
目前，学校国际部全面引进了美国知名学校的初高中课程和澳大利亚南澳高考局的英澳SACE国际高中课程体系，为学生提供中西合璧的优质教育。
经过近10年的发展，国际部已经培养出近千名毕业生，分别进入世界名校深造。
中美国际课程
北大附中深圳南山分校的美高课程引自美国名校课程(拥有WASC和ACSI认证毕业生SAT平均成绩超出全美20%~25%)，面向初高中学生。
初中到高中可在国内完成，或选择后两年进入美国合作高中。学校在美国设立学习中心，为就读的学生提供从衣食住行到学业管理、升学规划等全方位的服务。
英澳SACE国际高中课程
北大附中深圳南山分校的英澳课程是澳洲南澳高考局授权课程，面向高中学生。
学生在中国完成澳洲高中课程，通过南澳高考局统考后，即可取得南澳高考局颁发的南澳州高中毕业证书，凭借该证书，学生可以进入全部英联邦及欧美等国家大学就读本科。