北大附属益田同文学校设有医疗中心，环境温馨、舒适，具有专业认证资格的校医负责为全校学生和教职员工的健康服务。
秉承”预防为主”的精神，预防保健工作是校医的首要任务。校医定期为师生宣传健康促进知识（合理膳食、急救常识、常见病和传染病的防治、牙病防治、如何面对天灾、心理卫生常识、红十字会知识等）。
学校医疗中心常规工作包括：
1.校医每天检查食堂卫生；每周抽查一次教室、宿舍和环境卫生。
2.校医配合防疫部门查验每位入学新生的疫苗预防接种证，定期对学生进行《传染病防治法》的宣传教育，及时发放《疫苗接种知情同意书》，组织学生及时接种疫苗。
3.传染病流行时第一时间进行全校宣传防治，对疑似病例第一时间送诊医院，同时加强对教室、宿舍的消毒、通风等工作，对传染病的密切接触者加强监督，疑似者家长接回或送往医院确诊，对家长不能及时接回的患病学生则安置在健康中心隔离病房，复课返校需持政府指定单位痊愈证明。
4.每年组织师生健康体检，有问题者及时沟通及时治疗。
5.医疗中心坚持24小时7天值班制。对于病情需要到校外医院就医的学生，由学校派车、校医陪同前往医院，并及时通知监护人。